SEIMC 2023 - La medicina de precisión contra la resistencia a antimicrobianos: Proyecto MePRAM

Una de las participantes en MePRAM, Rosa del Campo, del Servicio de Microbiología del Hospital Universitario Ramón y Cajal, explicó la importancia de la microbiota en el control de las infecciones por bacterias multirresistentes. En ese sentido, señala que las principales bacterias que provocan infecciones en los hospitales (Escherichia coli, Staphylococcus aureus, Pseudomonas, Klebsiella...) son todas ellas resistentes, en mayor o menor medida, a los antibióticos. Sin embargo, varias de esas bacterias (en ocasiones, con resistencias) también nos colonizan, formando parte de nuestra microbiota, sin provocarnos problemas de salud mientras nuestro sistema inmunitario funcione con normalidad.

El resistoma (la colección de genes resistentes presentes en las bacterias que colonizan diferentes zonas del cuerpo) podría ser un dato clave para predecir el riesgo de que determinadas bacterias con genes de resistencia que colonizan el ser humano se expandan ante un tratamiento antibiótico inicial, provocando a posteriori una infección de difícil tratamiento. En ese sentido, la secuenciación genética de muestras de dicha microbiota podría ayudar a conocer mejor el resistoma, ya que algunas bacterias no se pueden cultivar en el laboratorio y son indetectables por los métodos tradicionales.

Determinadas bacterias, como aquellas del género Streptomyces, producen antibióticos frente a otras y mantienen a raya su crecimiento. Esto ocurre también en la microbiota del ser humano. Del Campo señala que sería importante conocer qué bacterias nos colonizan e impiden el crecimiento o la colonización de ciertas bacterias resistentes. Además de antibióticos producidos por bacterias, en el intestino también se producen otros compuestos antibacterianos como defensinas humanas, polifenoles, sales orgánicas, sales biliares, inmunoglobulinas, ácidos grasos de cadena corta, bacteriocinas, colicinas, microcinas... Algunas de estas moléculas, como las defensinas humanas, están muy poco estudiadas y podrían desempeñar un papel relevante en la lucha contra bacterias resistentes a antibióticos.

En ese sentido, un estudio de 2022 consiguió predecir péptidos antimicrobianos y las bacterias que los producían a través de la secuenciación del microbioma completo y su análisis mediante aprendizaje profundo (método de inteligencia artificial).^[1] Los autores identificaron 2.349 secuencias de péptidos que podrían ser antimicrobianos. Sintetizaron 181 de ellos en el laboratorio que tenían función antimicrobiana y tres no eran tóxicos para las células humanas. 

Por otro lado, tener una determinada microbiota podría favorecer la colonización de determinados microorganismos resistentes a antibióticos. No obstante, los antibióticos no pueden emplearse para modular la microbiota porque produce un daño indiscriminado a esta. Además, una investigación en ratones sugiere que ciertas dietas (como aquellas ricas en azúcar, grasas y proteínas) promueven la expresión de genes de resistencia en la microbiota intestinal.^[2] Este hecho lleva a preguntarse cómo la dieta que reciben los pacientes en el hospital podría influir sobre el riesgo de padecer infecciones por bacterias resistentes.

Una de las estrategias novedosas que más se están implantando en los hospitales españoles para luchar contra microorganismos resistentes es la transferencia de microbiota. Antes se realizaba esta transferencia mediante endoscopia, mientras que ahora suele hacerse mediante cápsulas con liofilizado de heces. 

La Administración de Alimentos y Medicamentos (FDA) de Estados Unidos autorizó la comercialización, el pasado mes de abril, del primer producto de microbiota fecal administrado por vía oral, Vowst, para la prevención de la recurrencia de la infección por Clostridioides difficile. Este tratamiento todavía no ha llegado a España. 

En relación con la transferencia de microbiota, Del Campo apunta a otra opción que podría resultar de utilidad: expandir bacterias sensibles a ciertos antibióticos y transferirlas al paciente para que reemplazase a bacterias que los infectan y que son resistentes. O ir más allá y tomar muestras de cepas resistentes, crecerlas en el laboratorio, modificarlas genéticamente para convertirlas en sensibles y volver a introducirlas en la persona infectada para que compitiera en el mismo nicho con la resistente.

El proyecto europeo MISTAR, en el que participa el hospital Ramón y Cajal, está evaluando este enfoque en pacientes dentro de la unidad de cuidados intensivos. Por ahora, se está comprobando si la realización de un trasplante fecal en estos pacientes graves para descolonizarles de bacterias multirresistentes es un tratamiento seguro. De una veintena de pacientes, no se ha registrado ningún efecto secundario notable hasta el momento.