La secuenciación del genoma completo podría permitir el tratamiento personalizado del cáncer (Nat Med)


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La secuenciación completa del genoma de las células tumorales podría ayudar a predecir el pronóstico del cáncer de un paciente y ofrecer pistas para identificar el tratamiento más efectivo, según sugiere un estudio internacional publicado en Nature Medicine.

Para comprender si la secuenciación del genoma pudiera ser útil en un entorno clínico, investigadores de la Universidad de Cambridge (Reino Unido) se asociaron con colegas en Suecia que llevan a cabo un proyecto para toda la población llamado SCAN-B, que ha estado reclutando a todas las mujeres diagnosticadas de cáncer de mama en el sur de Suecia desde 2010.

Esta colaboración internacional utilizó la secuenciación para analizar tumores de pacientes que habían sido diagnosticadas con cáncer de mama triple negativo. "La secuenciación del genoma completo nos da una visión completa del genoma del cáncer. Revela muchas cosas que no podíamos ver previamente, porque simplemente no las buscamos", explica Serena Nik-Zainal, de la Unidad de Cáncer del Consejo de Investigación Médica en la Universidad de Cambridge, que dirigió el estudio.

"Tener un mapa completo del genoma del cáncer para cada paciente nos ayuda a comprender qué ha causado su tumor y tratar a cada individuo de manera más efectiva. Anteriormente, era como viajar con solo un mapa limitado, pero ahora, con la secuenciación completa del genoma hay un mapa mucho mejor y más detallado que permite conocer la mejor ruta para llegar a nuestro destino", añade.

Posteriormente, aplicaron un algoritmo de aprendizaje automático llamado HRDetect, que habían desarrollado previamente para identificar tumores con firmas causadas por mutaciones en los genes BRCA1 o BRCA2.

Las puntuaciones de HRDetect habían sugerido previamente que una mayor proporción de mujeres en la población general podría tener tumores que son muy similares a los cánceres mutantes BRCA1 y BRCA2. Tomando las puntuaciones, el equipo clasificó a cada paciente con una puntuación alta, intermedia o baja.

Las pacientes que obtuvieron una puntuación alta fueron aquellas que obtuvieron los mejores resultados con los tratamientos actuales para los cánceres de mama triple negativos. También tuvieron más probabilidades de responder a los inhibidores de PARP.

Sorprendentemente, aquellas con puntuaciones intermedias tuvieron los peores resultados. Los tratamientos actuales de cáncer de mama triple negativo tuvieron una eficacia limitada, lo que sugiere que serían necesarios nuevos enfoques para abordar estos tipos de cáncer.

Sin embargo, los cambios genéticos y las firmas reveladas a través de la secuenciación dieron pistas sobre los mecanismos que impulsan estos tumores, que a su vez pueden ayudar a informar el desarrollo de nuevos medicamentos.

Aquellas pacientes con puntuaciones bajas también tuvieron malos resultados, aunque no tanto como las del grupo intermedio. Sin embargo, el perfil de la secuenciación en algunos de estos tumores sugirió anomalías biológicas que podrían ser la diana de los fármacos existentes o los que actualmente están en fase de investigación clínica, como los inhibidores de punto de control o inhibidores de AKT.

"Utilizando la secuenciación del genoma completo, podemos realmente discriminar los tumores que pueden o no responder a los medicamentos actuales entre pacientes con cáncer de mama triple negativo, un tipo de cáncer de mama que todavía nos cuesta tratar bien", precisa el primer autor, Johan Staaf, del Departamento de Ciencias Clínicas de la Universidad de Lund (Suecia).

"Pero lo más importante es que este enfoque también nos da pistas sobre algunos de los mecanismos que funcionan mal en los tumores de mal pronóstico y, por lo tanto -añade-, cómo podríamos tratar esos tumores de manera diferente o cómo podríamos desarrollar nuevos medicamentos".